Filmin çekildiği yerler Hogwarts Ekspresi'nin geçtiği Glenfinnan viyadüğüBüyük Salon, Privet Drive, Grimmauld Meydanı 12 Numara'daki sahneler gibi pek çok iç sahne Leavesden Stüdyoları ve Watford'da çekildi.
Harry ve Zümrüdüanka Yoldaşlığı üyeleri Thames Nehri üzerinde Grimmauld Meydanı 12 Numara'daki Zümrüdüanka Yoldaşlığı karargâhına doğru uçarken arka planda London Eye, Canary Wharf, Big Ben, Buckingham Sarayı ve HMS Belfast görülür.Platform 9¾ diğer filmlerde olduğu gibi King's Cross İstasyonu'nda çekildi.
İskoçya'da çeşitli mekanlar, dış çekimler için kullanıldı. Film için önemli olan sahnelerde, kitapta geçen "tepesi karlı dağlar ve dar vadiler" için İskoçya'nın Fort William kasabası kullanıldı. Hogwarts Ekspresi'nin geçtiği vadiler için de diğer filmlerdeki gibi Glenfinnan kasabası kullanıldı. İskoçya'daki bazı açık hava çekimleri için Glen Coe, Clachaig Gully ve Glen Etive kasabaları kullanıldı. The Scotsman'da yayınlanan makaleye göre İskoçya'da yapılan çekimler için 2006 yılında yapımcılar 50,000 İngiliz sterlini harcama yapmışlardır.
Filmin süresi yetmediği için bazı sahneler kesildi. Bunlardan ikisi; Surrey kasabasında, Virginia Gölü yanında çekilen Sihir Bakanlığı görevlilerinin Hagrid'in kulübesinin yanında Profesör McGonagall'a Sersemletme Büyüsü ile saldırma sahnesi ile Burnham Beeches'de çekilen Hagrid'in Sihirli Yaratıkların Bakımı dersinde Thestral'leri anlatma sahnesidir.