Hogwarts Cadılık ve Büyücülük Okulu'nda beşinci yılını bekleyen Harry Potter, Dursley ailesiyle geçirdiği yaz tatili boyunca ne sınıf arkadaşlarından ne de en yakın dostları Ron Weasley ve Hermione Granger'dan tek bir mektup almıştır. Bu yüzden Harry için yaz uzun ve yalnız geçmiştir.
Yaz tatili için teyzesi ve eniştesi ile birlikte kalırken ruh emicilerin saldırısına uğrar. Harry kendisini ve kuzeni Dudley'i koruyabilmek için bir Patronus büyüsü yapar. Bu olaydan hemen sonra Harry, teyzesinin komşusu Arabella Figg'in bir kofti olduğunu ve Dumbledore tarafından onu korumak için görevlendirildiğini öğrenir. Genç Yaşta Büyücülüğün Makul Kısıtlanması Kararnamesi'nden dolayı Sihir Bakanlığı, Harry'i bir duruşmaya çağırır ve belki de Harry Hogwarts'dan atılacaktır.
Bir gece Dumbledore emriyle aralarında Alastor ‘Deli-Göz’ Moody, Kingsley Shacklebolt ve Nymphadora Tonks’un da bulunduğu bir grup Seherbaz (Kara büyücü avcıları) Harry’nin kapısına gelip, Dumbledore’un, Sihir Bakanlığı’nda resmi bir temyiz duruşması ayarladığını söyleyerek, genç büyücüyü apar topar Harry'i, vaftız babası Sirius'un Grimmauld Meydanı 12 numaradaki evine götürürler. Bu ev aynı zamanda Zümrüdüanka Yoldaşlığı'nın gizli karargâhıdır. Sirius toplantılar için ailesinin evini Zümrüdüanka Yoldaşlığı’na açmıştır. Harry, Moody'nin gösterdiği eski fotoğrafla annesiyle babasının da Zümrüdüanka Yoldaşlığı’nın ilk üyelerinden olduğunu ve şu anki örgüt üyeleri arasında Molly ve Arthur Weasley’nin, Remus Lupin’in, Severus Snape’in ve şaşkınlık ve memnuniyetle karşıladığı vaftiz babası Sirius Black’in de bulunduğunu öğrenir. Harry’nin duruşmadaki tek umudu, genç büyücünün temelli gitmesini istemek için kendince sebepleri olan Sihir Bakanı Cornelius Fudge’ın yönettiği kurmaca mahkemede kendini savunmaktır. Harry, büyük ölçüde Hogwarts’ın emektar müdürü Albus Dumbledore’un müdahalesiyle ve tanık Arabella Figg sayesinde suçsuz bulunarak Fudge’ı çok üzer, ama ilk kez okuluna dönerken kaygılı ve huzursuzdur.
Hogwarts’a dönüşünde, Harry hem şüpheli bakışlar, hem de Gelecek Postası'nın Harry’nin soyadını Potter’dan “Plotter”a (entrikacı) çevirerek attığı başlık ve Lord Voldemort’un dönüşüyle ilgili yalan söylediği suçlamasıyla karşılaşır. Kendini yalnız ve dışlanmış hisseden Harry, Ron ve Hermione’nin yardım ve destek önerilerine bile ayak diretir çünkü yaşadıklarını kimsenin anlayamayacağını düşünmektedir, en yakın arkadaşlarının bile.
Hogwarts’ta yeni okul yılının başında öğretmen kadrosuna yeni bir isim eklenmiştir. Dumbledore'un tüm karşı çıkışlarına rağmen sihir bakanı Cornelius Fudge, Dolores Jane Umbridge'ı okula Karanlık Sanatlara Karşı Savunma dersi öğretmeni olarak atar. Dolores Umbridge aynı zamanda bakanlığın casusudur. Hogwarts öğrencileri Dolores Umbridge’in gözlerini diktiği tek hedef değildirler. Öğretmenler de onun utanç verici saldırılarından paylarını alırlar. Kehanet öğretmeni Sybill Trelawney, Büyü öğretmeni Flitwick ve Hagrid Umbridge’in standartlarının altında kalır. Daha sonra Umbridge'e okul kurallarını keyfine bağlı olarak değiştirme yetkisi verilir. Profesör Umbridge, Hogwarts’ta gitgide artan gücünü kullanırken, yeni ve her biri bir öncekinden daha katı kararnameler gelmektedir. Hemen hemen her gün, yeni bildiriler Hogwarts’ın taş duvarlarına asılarak, Umbridge’in düzene aykırı bulduğu ne varsa yasaklamaktadır.
Harry, Ron ve Hermione'nin teşviğiyle bazı öğrencilere Karanlık Sanatlar’a karşı kendilerini korumaları için gerekli büyüleri öğretmeye başlar. Bu öğrenciler Ginny'nin fikriyle kendilerine "Dumbledore'un Ordusu " adını takar. Toplantılarını ev cini Dobby'nin önerdiği İhtiyaç Odasında yapmaya başlarlar. Toplantılara Harry'nin hoşlandığı Cho Chang'de katılır. Noel tatilinde önceki toplatılarından sonra çıkışta Harry'nin hayatındaki ilk öpüşme gerçekleşir.
Hagrid'in derslerinden birinde iskelet kanatlı Testral’leri işlerler. At özellikleri taşısalar da kesinlikle at olmayan bu yaratıklar at ile ejderhanın ilginç bir karışımını andırmaktalar ve sadece ölüme birinci derecede tanıklık etmiş kişiler tarafından görülebilirler. Cedric’in ölümüne tanık olan Harry, kendilerini Hogwarts’a taşıyan faytonları çekenlerin Testral’ler olduğunu ilk kez görür. Küçük bir çocukken, annesinin ölümüne tanık olmuş olan Luna Lovegood da onları görebilmekte ve bu zarif yaratıkları dostları kabul etmektedir. Harry ve Luna dışında herkes için görünmez olsalar da, Testral’ler, Dumbledore’un Ordusu’nun genç büyücülerini cesaretlerini, ve cephanelerine yeni kattıkları her büyüyü sınayacak olan ilk savaşlarını yapacakları yere götürmekte yeri doldurulamaz bir görev üstlenmiştirler.
Hagrid'in okuldan atılmasının yaklaştığını hissederek Harry ve Hermione'ye okula geç gelmesinin sebebi olan üvey kardeşi Grawp'ı gösterir ve kendi gittiğinde kardeşine onların bakmasını söyler. Hagrid Grawp'ı yasak ormanda saklamaktadır.
Harry Snape'ten Zihnebend dersleri almaya başlar.Harry bir gece korkunç bir kabustan uyanır. Duruşma için Bakanlığa gittiğinde gördüğünü hatırladığı bir kapının ardından Sirius’a saldırıldığını görmüştür. Aslında kabusun onu Bakanlığa çekmek için kullanılan bir tuzak olma ihtimalinin farkındadır ama bu riski göze alacaktır. Sirius artık onun tek ailesidir. Bunun üzerine Harry ve Dumbeldore'nin Ordusu elemanlarından Hermione Granger, Ron Weasley, Ginny Weasley, Neville Longbottom, ve Luna Lovegood, Sirius'u kurtarmaya giderler. Sihir Bakanlığı’ndaki Gizem Departmanı’na vardıklarında, altı genç büyücü Kehanet Salonu’na yönelirler. Burası görünüşe göre her biri birer cam küreye konmuş ve sonra da sıra sıra uzanan raflarda dosyalanmış sayısız kehanetle dolu, uçsuz bucaksız bir odadır. Harry, birden bire Kehanet Salonu’nu daha önce gördüğünü hatırlar, ama numaralandırılmış raflar arasında gezdikleri sırada esas büyük keşfi yapan kişi Neville olur: Cam kürelerden birinin üzerinde Harry Potter yazdığını görür. Kehanetin, kendisi ile Lord Voldemort arasındaki bağlantının anahtarı olduğunu bilmeyen Harry küreyi eline alır. Öğrenciler, Voldemort'un ölüm yiyenleri tarafından Esrar Dairesi'nde kurulan tuzağa düşerler. Zümrüdüanka yoldaşlığı elemanlarının takviyesi zamanında yetişmesine rağmen, Sirius, kuzeni Bellatrix Lestrange tarafından öldürülür. Voldemort ortaya çıkar ve Harry'e ölümcül lanetler göndermeyi dener. Fakat Dumbledore da zamanında ortaya çıkar ve Harry'i korur. Voldemort, Bellatrix Lestrange ile birlikte ortadan kaybolur fakat sihir bakanlığı artık Voldemort'un döndüğüne inanmıştır. Harry ve Dumbledore temize çıkmıştır.