Zümrüdüanka Yoldaşlığı’nın çekimleri 6 Şubat 2006'da başladı ve Aralık 2006'da sona erdi. Filmin yönetmenliğini David Yates yaptı. Filmin yapımcıları ilk aşamada Harry Potter ve Ateş Kadehi'nin de yönetmeni olan Mike Newell'i düşünmüştü. Fakat Newell bu teklifi Love in the time of Cholera filmiyle ilgilendiğinden reddetmek zorunda kaldı. David Yates'in film hakkındaki düşünceleri şöyledir:
“ Bu hikâyenin öğrencilerin olgunlaştığı, her şeyin daha karmaşık olduğu bir dönemde geçmesi benim için heyecan verici. Bu hikâye isyanı ve yetişkinliğin sınırlarını anlamakla ilgili; dünyanın ne kadar zor olabileceğini ve bazen nasıl kendi dünyanızı yaratmanı gerektiğiyle ilgili. Özetle, bu filmin hikâyesi J. K. Rowling’in kitaplarına koyduğu tüm sihir ve eğlence ile daha önceki filmlerde yer alan müthiş ve inanılmaz şeylerin bir bileşimi; ayrıca, biraz daha karmaşık konu ve fikirler içeriyor ve yetişkinlere daha çok hitap eden şeylere deyiniyor. ”
Senaryo, önceki dört filmin de senaristi olan Steve Kloves tarafından yazılmadı. Nedeni kendisinin o sıralar başka projeler ile ilgileniyor olması olarak açıklandı. Bu yüzden filmin kitaptan sinemaya uyarlamasını Michael Goldberg yaptı. Kloves’un sonraki Harry Potter filmi olan Harry Potter ve Melez Prens adlı filmde geri döneceği açıklanmıştır.
Filmin çekildiği King Cross İstasyonu Platform 9¾Önceki filmlerin çekildiği setleri tasarlayan Stuart Craig bu filmde de aynı görevi aldı. Filmde yaptığı en önemli tasarım, önceki filmlerde yer almayan Sihir Bakanlığı binasıdır. Binanın 70 metre uzunluğunda olduğu söylenmektedir. Bu da ona tüm Potter filmleri arasında en büyük set olma özelliğini kazandırmaktadır.
İlk üç filmin müziklerini besteleyen John Williams ve dördüncü filmin müziklerini yapan Patrick Doyle'dan sonra bu filmin müzikleri Nicholas Hooper tarafından bestelenmiştir. Hooper bilinen ezgilere bağlı kalıp farklı çeşitlemelerini yaparak filme katkıda bulunmuştur. Örneğin John Williams tarafından bestelenen “Hedwig’s Theme” her filmde olduğu gibi bu filmde de yer almaktadır. Filmde yer alan müzik eserleri 2005 yılının Aralık ve 2006 yılının Ocak aylarında Londra Oda Orkestrası tarafından çalındı ve Abbey Müzik Stüdyolarında (Londra) kaydedildi. Bu filmde diğer filmlere kıyasla daha ürkütücü ve korku dolu sahneler olduğundan müziklerde korkutucu temalara ağırlık verildi. Özellikle Dolores Umbridge'in ve Lord Voldemort’un olduğu sahnelerde müzikler konuyu etkili bir biçimde vurgulamaktadır. Seslerde derinliği sağlamak ve müzikleri etkileyici kılmak için geleneksel JaponTaiko savaş davulları kullanılmıştır. Film müziklerinin bulunduğu albüm, filmin gösterime girmesinden 3 gün önce, 10 Mayıs 2007'de çıkacaktır.
Filmde oyucular son savaş sahnesine hazırlanırken asa sallama dersleri almışlardır. Dans koreografi Paul Harris, farklı büyüler için farklı hareketler geliştirmiştir. Temel hareket yelpazesini belirlemenin yanı sıra oyuncularla çalışarak onların bireysel savaş tarzlarınıda oluşturmuştur. Hermione Granger'i canlandıran Emma Watson bir röpartajında savaş sahneleri için
“ Çok eğlenceliydi. Hareketler dövüş sahnesinin eskisinden daha dinamik görünmesini sağladı. ”
demiştir.
Filmin editörü Mark Day’dir. Sinematografi ile Slawomir Idziak ilgilenmiştir. Kostüm tasarımcısı Jany Temime, görsel efekt sorumluları John Richarson, Tim Burke ve Nick Dudman’dır. Filmdeki yeni karakterlerden biri olan Hagrid’in kardeşi dev Grawp, Image Metrics şirketi tarafından geliştirilmiş olan bir teknikle filmde yer almıştır.[15] Daha önce David Yates ile birkaç kez çalışmış olan koreograf Paul Harris, filmde asa kullanarak yapılan büyülerin olduğu sahnelerde, karakterlerin yaptığı hareketleri düzenlemesi ve bazı yenilikler yapması amacıyla kadroya dahil edilmiştir.
Filmin bilgisayar oyunu Order of the Phoenix, Electronic Arts şirketi tarafından yapılmıştır. Üretici firma, oyunun piyasaya çıkış tarihinin filmin gösterime girmesinden bir hafta önce olduğunu açıklanmıştır.
The Scotsman, filmin bütçesinin 75 milyon İngiliz Sterlini (yaklaşık 200 milyon YTL) olduğu açıklanmıştır.